Перенос системных папок лучше сделать сразу после установки Windows, до установки программ и драйверов, т.к. при установке драйверов и в особенности программ будут создаваться каталоги и ярлыки в эти самые системные папки. Если Вы используете для хранения файлов системные папки, то перенос системных папок пользователя на не системный диск, поможет Вам сохранить свои файлы. В случае сбоя Windows, при её переустановке заданные по умолчанию системные папки будут затерты полностью, со всеми находящимися в них файлами. Но если Вы зададите свои пути к системным папкам, то всё их содержимое останется целым.